Pada pertemuan diskusi pleno minggu ketiga ini seperti biasanya kelompok ketiga sekarang akan memaparkan materi yang telah dipelajari sesuai dengan pembagian materi mereka. Kelompok tiga ini memaparkan materi mengenai Surveillance atau mengenai pemantauan.

Apa yang dipantau atau apa maksud dari surveillance ini?

Pemantauan yang dimaksud adalah pemantauan kondisi atau status kesehatan dari suatu populasi. Surveillance tersendiri terbagi atas 3, National/Universal Surveillance, Sentinel Surveillance, dan Mortality Surveillance.

National surveillance sendiri adalah contohnya, pengambilan data secara masif dan kolaboratif (universal) untuk keperluan pencegahan, kontrol, dan monitor perkembangan penyakit.

Sentinel Surveillance adalah, sebuah kegiatan pengawasan terhadap suatu penyakit lewat mediasi tenaga medis, laboratorium, dan public health untuk melihat dan mengevaluasi stabilitas dan perubahan keadaan kesehatan suatu populasi

Mortality Surveillance adalah, pengawasan secara sistematis terhadap data mengenai kematian da penyebaran informasi untuk meninjau tindakan yang akan diambil yang bertujuan untuk mengatasi masalah kualitas data dan kesehatan masyarakat. Selain itu kami juga dikenalkan menganai istilah variant of concern dan variant of interest.

Diskusi pleno pada minggu kedua ini diadakan oleh kelompok dua yang merupakan kelompok saya. Pada minggu kedua ini kelompok saya akan memaparkan materi bahasan mengenai inovasi teknologi yang bermanfaat untuk mengatasi permasalahan- permasalahan pada saat pandemi ini. Dimulai dari swab test, pcr, dll.

Lebih spesifiknya kelompok 2 ini menjelaskan mengenai teknologi-teknologi yang digunakan untuk pemanfaatan metode diagnostik untuk covid-19 ini. Seperti tadi contoh yang sudah disebutkan seperti PCR test dan Antigen test. Terdapat perbedaan dari kedua test tersebut, mengenai mana yang lebih baik itu tergantung kebutuhan. PCR test adalah test yang lebih spesifik dari test antigen namun, karena hasilnya yang spesifik tentunya melalui serangkaian proses yang jauh lebih rumit dan kompleks dibanding dengan test antigen. Test PCR ini membutuhkan komponen-komponen yang lebih banyak dari test antigen.

Test PCR ini membutuhkan bahan baku seperti, DNA template, primer, dNTP, enzim DNA Polimerase, dan buffer. Test PCR bekerja dengan cara amplifikasi fragmen DNA spesifik. Komponen tersebut mungkin dirasa asing, maka mari kita ketahui apa saja komponen tersebut sedikit lebih dalam. dNTPs (deoksiribonukleotida trifosfat) adalah bahan baku dari proses penyalinan pigmen dna yang baru. Buffer sendiri adalah cairan yang berisi campuran elektrolit yang berfungsi untuk menjaga pH tertentu agar enzim beroprasi secara optimal. Test PCR ini juga melewati 3 rangkaian proses, Denaturasi; Annealing; Elongasi. Kemudian hasil tersebut diproses dengan metode elektroforesis atau dengan metode yang lebih canggih yaitu Real-time PCR.

Dari rangkaian proses yang sangat kompleks tadi tentunya test PCR ini membutuhkan waktu yang tidak singkat, biasanya dari sample diambil hingga hasil keluar akan memakan waktu berjam-jam. Namun tentunya hasilnya akan spesifik.

Sementara itu test Antigen adalah test yang sering dilakukan di rumah untuk home-testing atau self-testing. Karena biaya yang lebih terjangkau dan serangkaian pengerjaan yang tidak kompleks juga hasil yang instan. Antigen sendiri ini memiliki kelemahan dibandingkan dengan test PCR pasalnya hasil yang keluar dari Antigen tidak akan spesifik dan tidak lebih sensitif dari PCR test.

Namun hasil yang dihasilkan sangat cepat sehingga kebanyakan orang lebih memilih antigen misalnya untuk keperluan bepergian (ketika tidak ada gejala yang serius) sehingga hasil didapat dalam jangka waktu yang sangat singkat, sehingga lebih efektif. Dari segi biaya juga test antigen akan jauh lebih murah dari PCR test.

Materi lainnya yakni mengenai variant identification, yaitu teknologi yang digunakan untuk keperluan identifikasi varian covid-19 itu sendiri. Metode yang digunakan dinamakan genome sequencing. Apa itu genome sequencing, adalah proses yang digunakan untuk melihat perbedaan dan keragaman dari genome.

Adapun tahapan-tahapan dari genome sequencing adalah; DNA akan disimpan kedalam instrumen dengan frekuensi suara tinggi yang gelombangnya akan memecah DNA kedalam pecahan yang lebih kecil. Kemudian penanda khusus akan ditambahkan kedalam ujung dari fragmen DNA kecil tersebut, kemudian dalam alat yang dinamakan sequencer setiap bagian kecil dari DNA tersebut akan diduplikasi yang akan membentuk cluster dari fragmen yang identik.

Sequencer tersebut akan membaca DNA dengan warna yang berbeda untuk tiap base DNA yang berbeda, dengan instrumen khusus setiap individu DNA ini akan memperlihatkan sequencing dari genome, dan akhirnya untuk finishing software digunakan unutk membantingkan DNA sequences untuk dapat diidentifikasi varian nya.

Seperti yang sudah ditentukan pada pertemuan-pertemuan sebelumnya setiap minggunya pada hari Selasa akan ada diskusi pleno mengenai materi yang sudah dipelajari, biasanya setiap kelompok akan memaparkan materi mereka dengan powerpoint. Pada tanggal 9 Agustus 2022, bertepatan dengan kelompok pertama yang akan memaparakan materi yang sudah mereka dapatkan.

Konsentrasi bahasan dari kelompok satu ini adalah mengenai SARS-COV2 Virus itu sendiri. Kelompok  ini akan memaparkan secara mendetil mengenai virus SARS-COV2. Dimulai dari karakteristik virus itu sendiri bagaimana hingga seperti apa virulence dan patogenesis virus tersebut dan bagaimana evolusi atau mutasi dari virus SARS-COV2 itu sendiri.

Selain itu setelah pemaparan materi diadakan sesi diskusi untuk tiap kelompok agar bisa melakukan diskusi terbuka mengenai materi yang sudah dijelaskan.

Pembelajaran daring pertama tentunya dibuka dengan perkenalan oleh dosen-dosen pembimbing dan antar kelompok elektif yang terdiri atas 3 kelompok elektif dengan masing-masing satu dosen pembimbing. Pada pertemuan yang dilangsungkan secara daring ini perkenalan berlangsung cukup singkat, hanya dari perkenalan tenaga pengajar yang akan membimbing mahasiswa dalam program elektif ini.

Pertemuan perdana ini juga berlangsung cukup singkat dengan topik pembuka yaitu bagaimana keadaan covid-19 di Indonesia. Data yang dilampirkan membandingkan antara kasus positif lonjakan tertinggi pada 2 tahun terakhir. Yaitu kasus covid-19 varian delta dan varian terbaru yakni omicron. Kedua varian tersebut dinilai mengalami lonjakan yang paling tinggi diantara varian lainnya.

Pembahasan mengerucut kepada, aspek apakah yang paling membedakan dari tren covid-19 varian delta dengan varian omicron. Karena sebenarnya apabila dilihat dari angka positif saja perbedaan tidak terlalu signifikan menilai, keduanya sama-sama mengalami lonjakan yang tinggi dari varian lainnya.

Akhrinya setelah diskusi yang berlangsung singkat, kami mencapai kesepakatan dari data yang dilampirkan. Dimana kedua varian tersebut memiliki kesamaan yakni dalam kasus positif harian dan lonjakannya yang begitu tinggi, dan perbedaan juga dapat dilihat dari kasus meninggal harian dimana varian delta lebih mematikan dari omicron. Dan penyebaran omicron sendiri lebih tinggi dari varian delta, sehingga kasus positif hariannya lebih tinggi dari delta meski tidak lebih mematikan dari delta.

Varian delta ini juga dinilai memiliki anomali, karena biasanya virus ketika sudah bermutasi akan cenderung menjadi tidak lebih mematikan. Karena virus akan beradaptasi agar bisa hidup dari inangnya selama mungkin. Hal tersebut tidak akan tercapai apabila virus ini mematikan karena hanya akan menyebabkan inangnya ikut mati. Oleh karena itu, virus menjadi tidak lebih mematikan karena untuk bertahan hidup pada inangnya. Pada kasus covid-19 maka inangnya adalah manusia.

Pembelajaran luar kelas yang saya jalani yaitu pada hari senin di tanggal 8 agustus 2022, pada hari itu saya dan satu rekan saya diundang ke laboratorium eykman untuk melihat dan ikut serta partisipasi dalam proses isolasi RNA. Kegiatan tersebut dimulai pada pukul 9 pagi dan berakhir pada pukul 1 siang. Saya dan rekan saya melakukan kegiatan tersebut di laboratorium biomolekuler di gedung eykman lantai satu. Kegiatan tersebut sangat berkesan bagi saya pribadi karena itu merupakan pertama kalinya saya datang dan berpartisipasi dalam kegiatan lab selama perkuliahan 1 tahun ke belakang.

Lab pada gedung eykman tersebut dilengkapi dengan teknologi yang canggih agar kondisi lab tetap sesuai dengan kebutuhan. Contohnya laboratorium biomolekuler tersebut dilengkapi dengan pintu yang berfungsi untuk tetap menjaga tekanan ruangan tersebut dan pada ruangan utama dilengkapi dengan alat yang memantau kondisi tekanan masing-masing ruangan yang mana pada lab tersebut terdiri atas 3 ruangan yang berbeda fungsinya.

Setelah diperkenalkan di depan mengenai ruangan-ruangan yang ada, kami diharuskan untuk mengenakan pakaian khusus lab untuk menjaga kesterilan dan kebersihan juga keamanan diri kami, karena nantinya kami akan berpapasan langsung dengan rna virus covid-19 yang memiliki risiko apabila berpapasan secara langsung. Pakaian yang diharuskan antara lain perlengkapan seperti apd dan juga sarung tangan latex double, juga masker kn 94.

Perlengkapan tersebut dibutuhkan karena telah memenuhi standar aman untuk masuk ke dalam ruangan praktik laboratorium sekaligus untuk menjaga keamanan praktisi ketika melangsungkan aktivitas di dalam lab. Adapun tahapan-tahapan yang harus dipatuhi dalam melangsungkan proses pemisahan RNA.

Yang pertama yang harus disiapkan adalah kit RNA viral qiagen, dimana pada kit tersebut sudah disiapkan juga tahapan-tahapan yang harus dijalani, namun para praktisi laboratorium di eykman lebih memilih untuk mentranslate dari bahasa inggris ke bahasa indonesia sehingga tahapan-tahapan tersebut lebih mudah dipahami untuk mencegah terjadinya kesalahpahaman dalam menanggapi tahapan tersebut.

Yang pertama adalah mempersiapkan sampel swab, sampel swab ini didinginkan sehingga virus tidak mati dan materi genetik virus tetap awet, sampel ini dibekukan dalam kulkas khusus pada suhu -80 derajat celcius, karena virus masih dalam kondisi beku maka harus sedikit dicairkan sehingga bisa ditetes buffer. Maka sample tersebut dihangatkan dengan menggunakan alat pulse vortexing atau bisa dengan mudah dihangatkan dengan cara menggenggam sample pada tabung.

Setelah sample tersebut sudah cukup cair maka persiapkan buffer AVL (pada pipet sebanyak 560 micro liter) ke microtube 1,5 ml. Lalu, tambahkan 140 mikro liter spesimen. Setelah penambahan buffer tersebut selesai lakukan pulse-vortexing selama 15 detik. Kemudian setelahnya lakukan inkubasi selama 10 menit pada temperatur ruang. Setelah proses inkubasi selesai lakukan proses quickspin pada alat sentrifugasi.

Kemudian lakukan proses serupa dengan menambahkan etanol absolut sebanyak 560 mikroliter, dan lakukan pulse-vortexing selama 15 detik dilanjutkan dengan quickspin. Setelah proses quickspin, transfer kedalam spin column (630 microliter), lalu lanjutkan dengan proses sentrifugasi selama 1 menit (6000xg / 8000 rpm) kemudian ganti collection tube. Lalu ulangi tahapan serupa (spin column dan sentrifugasi).

Tahapan selanjutnya adalah menambahkan buffer AW1 sebanyak 500 micro liter, lalu lakukan proses sentrifugasi selama satu menit (6000xg / 8000 rpm) kemudian ganti collection tube. Setelah itu, tambahkan buffer AW2 sebanyak 500 micro liter. Setelahnya dilakukan sentrifugasi dengan kecepatan yang berbeda (full speed 20000 xg / 14000 rpm) selama 3 menit. Tahapan selanjutnya merupakan tahapan opsional yakni membuang filtrat tanpa mengganti tube, lalu lakukan sentrifugasi 1 menit (full speed 20000 xg / 14000 rpm). Hal ini biasanya dilakukan untuk menyempurnakan hasil sampel.

Setelah rangkaian tadi maka collection tube diganti dengan microtube berukuran 1,5 ml dan tambahkan buffer terakhir buffer AVE sebanyak 40 microliter. kemudian lakukan inkubasi pada temperatur ruangan selama 1 menit. Setelah inkubasi lakukan tahapan sentrifugasi (6000 xg / 8000 rpm) selama 1 menit. Setelah rangkaian tersebut selesai maka RNA sudah terpisah dan bisa digunakan untuk keperluan PCR. Selanjutnya sample akan disimpan ke dalam freezer -80 derajat celcius untuk menjaga keutuhan rna.

Perkuliahan program elektif berlangsung secara daring dengan platform zoom meeting. Pada perkuliahan daring ini masing-masing kelompok mempresentasikan hasil belajar mengenai topik yang dibahas oleh masing-masing kelompok. Terdapat 3 kelompok dengan pokok bahasan yang berbeda, pokok bahasan ini akan dirangkum dalam sebuah presentasi materi yang nantinya akan dikolektifkan pada pekan keempat untuk review. Sehingga hasil ajar dari setiap mahasiswa akan merata tanpa ada ketimpangan. Pada program elektif yang saya jalani yakni mengenai surveillance covid-19 ini ketiga kelompok tersebut masing-masing membahas topik mengenai covid-19. Pembagian tersebut bertujuan agar proses belajar berlangsung efektif. Adapun pembagian pokok bahasan adalah sebagai berikut.

Kelompok 1 yang akan melakukan presentasi pada minggu pertama pembelajaran elektif, mendapat pokok bahasan mengenai virus SARS-COV 2. Mereka membahas secara mendalam mengenai virus tersebut, dimulai dari aspek karakteristik virus tersebut dan morfologi virus tersebut.

Kelompok 2 yang merupakan kelompok saya mendapatkan bagian presentasi pada minggu kedua. Pokok bahasan yang dibawakan oleh kelompok saya mengenai New Technology yang berkaitan dengan covid-19. Dimana kelompok saya memaparkan mengenai teknologi yang digunakan untuk mendiagnosis covid-19 dan juga identifikasi beragam varian covid-19.

Kelompok 3 yang merupakan kelompok terakhir akan membahas mengenai epidemiology covid-19 pada minggu ketiga. Kelompok ini membawakan pokok bahasan mengenai clinical dan molecular epidemiology dan surveillance covid-19.

Terakhir nantinya pada minggu keempat akan diadakan pertemuan yang membahas wrap-up dari semua materi yang dipelajari untuk dijadikan rangkuman dan juga refleksi untuk mahasiswa sehingga materi diterima secara menyeluruh.

Pada website atau blogspot ini, saya akan menuangkan sedikit mengenai apa yang saya targetkan setidaknya untuk saya sendiri selama saya menjalani program elektif ini. Yang utamanya saya harap dengan mengikuti program elektif ini saya dapat mendapatkan ilmu pengetahuan yang dapat diterapkan nanti di dunia kerja, dan saya harap dengan adanya program elektif ini akan memberikan gambaran mengenai pekerjaan di masa yang akan datang. Tujuan spesifik yang lain yang saya harapkan adalah mendapatkan gambaran mengenai surveillance covid-19 secara menyeluruh, tentu program elektif ini menawarkan kesempatan yang berharga bagi saya untuk mencapai tujuan-tujuan tersebut.

Selamat datang di blog saya, pada blog ini saya akan membagikan pengalaman saya selama menjalani program elektif ini di intersemester break pada tahun 2022. Saya akan menjalani rangkaian pembelajaran program elektif ini selama 14 minggu. Dengan adanya blog ini saya harap akan menjadi media untuk evaluasi pengetahuan dan untuk menjadi tolak ukur pengetahuan selama menjalani program elektif. Harapan lain tentunya semoga dengan berjalannya program elektif ini akan menjadi media untuk perkembangan diri.